Η διαδικασία της πολφοτομής είναι μία σχετικά απλή διαδικασία. Αφού αναισθητοποιήσει τον ασθενή ο οδοντίατρος και τοποθετήσει τον ειδικό οδοντιατρικό απομονωτήρα, καθαρίζει κανονικά με τον τροχό το δόντι απομακρύνοντας την τερηδόνα. Πάντα με τον τροχό, καθαρίζει το μεγαλύτερο τμήμα του νεύρου που βρίσκεται κοντά στην επιφάνεια και έχει επιμολυνθεί με τα μικρόβια της τερηδόνας και συνήθως αιμορραγεί.

Στη συνέχεια, τοποθετεί ένα ειδικό αντισηπτικό σκεύασμα (φάρμακο) και καλύπτει τον υπόλοιπο πολφό (νεύρο) με ένα ειδικό καταπραϋντικό και αντιμικροβιακό υλικό για να επιτευχθεί αντισηψία και στεγανοποίηση. Στο δόντι, πάνω από την πολφοτομή μπορεί να μπει στο ίδιο ραντεβού και η τελική αποκατάσταση (σφράγισμα ή στεφάνη-θήκη).